2009年11月3日、チェコ憲法裁判所は、17名の上院議員によって提起されていた訴えを退け、リスボン条約批准の合憲性を確認した。また、大統領は遅滞なく批准書に署名する義務を負うと述べた（こちらを 参照）。これを受け、Klaus 大統領 は、同日15時に署名したことを自らのホームページで告知し、2008年6月以降の「独り芝居」を終わらせた。約15ヶ月前、アイルランドで実施された国民投票で新EU条約の批准が否決されると、反EU派として知られる Klaus 大統領は、リスボン条約はもはや死んだと発言し、物議を醸した（詳しくは こちら）。その後、同国の国会両院が批准を承認しても、アイルランド国民によって支持されない限り、批准書に署名しないとしてきたが、2009年10月2日に再開された国民投票で、アイルランドは批准を決定した（詳しくは こちら）。これを受け、チェコ元首は、EU基本権憲章の適用排除を訴えるようになるが、10月29・30日、EU加盟国はこの要請に応じた（詳しくは こちら）。Klaus 大統領が突きつけた最後の条件は、憲法裁判所によって合憲性が確認されることであったが、約1週間の審理を経て、司法判断が下されると、大統領も速やかに批准書に署名した。

　これによって新条約はすべての加盟国で批准手続が終了し、翌月初め（12月1日）に発効する運びとなった（第6条第2項参照）。

　なお、Klaus 大統領の署名を受け、イギリス保守党の Hague 外交専門家は、政権奪回後に国民投票を実施することは、もはや法的に不可能であると発言している（参照）。

　 11月5日付けのチェコの日刊紙 "Lidove noviny" において、Klaus 大統領の Hajek 顧問（元報道官）は、大統領は国家主権を回復するために批准書に署名したのであり、リスボン条約の発効後は、チェコのEU脱退をも検討していると述べた（参照）。現行EU法は、加盟国の脱退について定めていないが、リスボン条約は、加盟国が自主的に脱退する手続について定めており（リスボン条約発効後のEU条約第50条、こちらも参照）、法的に不可能ではない。もっとも、チェコの自主的脱退は非現実的である。そのため、国内の政治家からは、前掲の Hajek 氏はコメントする価値もないとする意見も出ている（参照）。

　リスボン条約は、欧州憲法条約の発効に目途が立たなくなったことを受け制定されたが、EUのさらなる民主化や透明性の向上、また、機能強化などの点で、欧州憲法条約の基本精神を承継している（両条約の違いは こちら）。憲法条約も含めると、フランス、オランダ、そして、アイルランド という3ヶ国の国民投票で批准が否決されるなど紆余曲折を経たが、5年余りの歳月をかけ、EU改革はようやく実現する。

　12月1日の新条約発効を前に、加盟国が早急に取り組まなければならないのは、法的にはすでに任期が切れている欧州委員会の人選であるが、新条約の規定を踏まえ、加盟国から1名ずつ委員を選任する予定である（現行条約との違いは こちら）。すでに各国政府の人選作業は開始されているが、ベルリンの壁崩壊20周年を記念し、当地ベルリンで開催される記念式典（11月9日）において加盟国首脳は協議するものと解されている。また、新条約に基づき新設されるその他のポストの人選も本格化するが、常設の欧州理事会議長は保守政党から、また、外交・安全保障政策の上級代表（兼欧州委員会副委員長）は左派政党から選出することで合意されている。