1998年より、ウィーンには European Monitoring Centre for Racism and Xenophobia （EUMC：ヨーロッパ人種差別・外国人排斥監視センター）が設置されているが、2003年12月、欧州理事会は、この組織を改組し、The European Union Agency for Fundamental Rights（EU基本権庁）を発足させること決めた（その背景については こちら）。これを受け、欧州委員会は、2005年6月30日、新しい組織を設立するための法案（規則案）をEU理事会に提示していたが（COM (2005) 280 final）、その活動範囲や権限をめぐり加盟国間で対立が生じたため、審理が長引いた。規則（Regulation No. 168/2007, OJ 2007, L 53, 1）が制定されたのは2007年2月15日のことであるが、法の整備を受け、基本権庁は、当初の予定より3ヶ月遅れ、2007年3月1日より、活動を開始することになった。

　新しい組織は、その前身である「ヨーロッパ人種差別・外国人排斥監視センター」（EUMC）を母体としており、引き続きウィーンに本拠を置く（理事会規則第23条第5項）。法人格を有し（同条第1項）、以下の機関よりなる（第11条）。

　なお、全職員の規模は約100人、また、予算は2013年まで毎年増加し、最終的に約2400万ユーロとなる（年間）。

　基本権庁は、前身である「ヨーロッパ人種差別・外国人排斥監視センター」の活動を継承するが、基本権に関する専門行政組織として、以下の4つの任務を負う（理事会規則第4条）。

　その他にも、明瞭な委託があれば、任務を遂行しうる。

　なお、EU基本権庁は、個人の権利救済に関与しえない。つまり、個人は基本権侵害を理由に新機関に申し立てることはできない。このような申し立ては、従来どおり、欧州人権裁判所に提起されることになる。なお、同裁判所との協力関係を緊密にするため、ECは欧州評議会（欧州人権裁判所は同評議会制度の枠内で設けられている）と協定を締結するものとされている。また、基本権庁の執行部（Executive Board）の会議には、欧州評議会の代表も出席することが想定されている（理事会規則第9条）。

　基本権庁は、加盟国や加盟候補国による基本権侵害の有無について審査しえず、EUの諸政策が基本権に及ぼす影響について調査・分析したり、実効的な保護方法を示しうるに過ぎない。つまり、EUや加盟国との関係において、基本権庁の第1義的な役割は、それらを助言ないし支援することである（設立規則第2条参照）。なお、調査・分析の対象となる基本権は制限されない。

　EU（EC）の立法手続への関与については、理事会内で最後まで争われていたが、諸機関の要請がある場合に限り、基本権庁は見解を述べることができる。ただし、諸機関の行為の適法性や加盟国によるEC法違反の有無について審査することはできない（理事会規則第4条第2項）。

　基本権庁の活動は、いわゆるEUの第1の柱の分野に限定される。つまり、第2 および第3 の柱は対象外である（EUの3本柱構造については こちら）。なお、EUや加盟国による権利侵害は、第3の柱 の分野（例えば、テロ対策）において生じる可能性が高いが、ドイツやイギリスなどの反対により（警察･司法権は国家の伝統的な主権の一つであるとされる）、基本権庁の活動範囲より除外されている。そうであるならば、新しい専門機関を設ける必要はないとして、欧州議会やNGOによって厳しく批判されているが、このような批判を踏まえ、基本権庁の活動分野は2009年末までに見直されることになっている。

Vertretung der Europäischen Kommission in Deutschland, EU-NACHRICHTEN 2007, Nr. 7, Seite 6 ("Meinungsverschiedenheiten verzögern Entscheidung)

EU基本権庁設立の背景